Créer un notebook avec Quarto: principes, fonctionnalités
SAGEO, 2023 - Québec, Canada
07 Jun 2023
Evolution des pratiques en SHS (FR)
Avant 2011 : des “black-boxes” méthodologiques
Logiciels payants, ruptures logicielles dans les chaines de traitements, stockage et partage des données et méthodes non optimisé, univers “clic-bouton”.
Evolution des pratiques en SHS (FR)
2011 - récemment : vers des chaines de traitement intégrées
Solutions open source, gratuites, qui couvrent l’ensemble de la chaîne de traitement de l’information, univers de programmation.
Evolution des pratiques en SHS (FR)
Depuis peu… : vers l’ouverture à de nouveaux langages ?
Usage de langages de développement variés en fonction des usages désirés (performence de certaines libs, interactivité, …) et des échanges interdisciplinaires (dataviz).
Comment passer d’un langage à l’autre dans des mêmes chaînes de traitement ?
Evolution des pratiques en SHS (FR)
La réplication en question
- Où sont stockées les données ?
- Sur quoi reposent ces protocoles méthodologiques ?
- Comment les documenter ?
- Comment les restituer / mettre à jour / adapter ?
Qui pour reprendre ces programmes ?
Qui pour comprendre ce code et ses intentions ?
Recherche reproductible
Ouverture des protocoles de recherche dans l’objectif de confirmer et rendre répétable des résultats de recherche.
- Disponibilité des données et du code, exécutable.
- Documentation de l’environnement logiciel nécessaire à son exécution.
- Transparence dans la collecte de données, ses traitements, analyses et sorties graphiques.
- Réutilisable par d’autres : documentation du code, de ce qu’il produit et dans quel but.
- Ouvert aux retours, commentaires, suggestions, critiques, révisions.
Jon Claerbout (sismologue, Univ. Stanford). Il utilise avec son groupe pour la première fois le terme de “recherche reproductible” lors du congrès de la Society of Exploration Geophysics en 1992.
Programmation lettrée & notebooks
Paradigme de programmation (Knuth, 1984) qui consiste à associer code source (pour les ordinateurs) et documentation (pour les humains).
- Donner les informations suffisantes pour répliquer l’expérimentation, à la manière d’un essai.
- Vérifier que les conclusions sont valides.
- Améliorer les programmes / rendre les mauvaises décisions de conception plus évidentes.
- Utile pour reprendre les programmes ultérieurement.
- Transmettre et partager les connaissances sous des formes appropriées (tutoriels, manuels).
Un gain général en reproductibilité de la démarche et en ouverture des méthodes scientifiques.
Donald Knuth (mathématicien, Univ. Stanford). Pose les bases de la programmation lettrée dans un premier environnement de literate programming : le WEB qui combine du Pascal et du TeX, appliqué aux nombres premiers (1984).
Notebooks : Principes fondamentaux
Le Notebook est une solution opérationnelle et adaptée pour arriver à ces fins
Source : Pecout, 2022
Les Notebooks du moment
Quarto ?
Un des derniers nés des notebooks (2022)
- Open-source, basé sur Pandoc.
- Moins dépendant de R : pas d’installation de packages R, comme c’était le cas avec R Markdown.
- Peut fonctionner ailleurs que dans l’IDE RStudio : pas d’utilisation exclusive de Knitr (Jupyter, Observable également).
- Permet d’exécuter différents langages de programmation : R, Python, Julia ou JavaScript (interactivité ++).
- Possibilité de mises en page customisées avancées (templates ++)
Des sorties multiples
Restituer des analyses reproductibles menées lors d’un projet.
Générer des présentations interactives (iframe, animations, slides interactifs) avec le format revealjs.
Exemple : Sortie (Présentation) // Dépôt GitHub // Code
Créer des raports interactifs combinant (éventuellement) plusieurs langages de programmation.
Sortie (Rapport interactif) // Dépôt GitHub // Code (Quarto)
Créer des manuels ou des sections pédagogiques collaboratifs au format Book.
Soumettre des publications suivant les prérequis (adaptation template LaTeX) de plusieurs revues de référence (Public Library of Science, Elsevier, JSS, etc.)
Squelette d’un notebook (Quarto)
Initier un document Quarto dans RStudio
RStudio propose plusieurs modèles pour initier aisément un notebook.
Initier un document Quarto dans RStudio
RStudio propose plusieurs modèles pour initier aisément un notebook.
